La primera Navidad registrada en Japón se celebró en el año 1552 en la provincia de Yamaguchi, aunque se supone que el misionero español Francisco Javier conmemoró su primera Nochebuena en el archipiélago tres años antes, cuando recaló en Kagoshima para presentar por primera vez el cristianismo en este país asiático.
Según una carta enviada por un misionero jesuita a su sede, el 10 de diciembre de 1552 (calendario lunar) organizaron la Navidad cinco sacerdotes: los padres Cosme de Torres y Baltasar Gago, y los hermanos Juan Fernández, Pedro de Alcacova y Duarte da Silva.

El español Fernández leyó la Biblia toda la noche y en la Misa de Gallo cantó su compatriota Torres. Se celebraron un total de seis misas. Después los cristianos japoneses juntaron dinero para preparar una comida con los sacerdotes. En la Nochebuena del año siguiente ya se leía la Biblia traducida al japonés desde el Pentateuco hasta el Apocalipsis.
En aquella época en que poderosos guerreros se enfrentaban en numerosas batallas para conseguir más territorio, la religión occidental comenzó a difundirse poco a poco entre el pueblo nipón. En 1560 en Oita se celebró por primera vez un teatro navideño.
Los católicos japoneses representaron la historia de Adán y Eva. Colocaron un árbol adornado con figuras en forma de manzana bajo el cual Satanás tentó a Eva. La documentación de ese evento afirma que en la escena en la que un ángel expulsa a Adán y Eva del paraíso, los espectadores lloraron, y cuando Jehová los dejó salir para que labrasen la tierra, surgió una ovación tremenda entre los japoneses. También se representaron el Arca de Noé, el sacrificio de Abraham, la historia de Lot y el cuento de José y Jacob, entre otros. Allí mismo, al año siguiente, dos coros japoneses interpretaron cantos gregorianos.
La fiesta navideña celebrada en Omura (Nagasaki) en 1575 incluyó instrumentos musicales como la viola y la flauta y la presencia de varios niños disfrazados de ángeles.

Los samuráis católicos
Una anécdota de aquella época se mantiene todavía. En 1568, el guerrero más poderoso de entonces, Nobunaga Oda, se enfrentaba a Hisahide Matsunaga en Sakai (Osaka) y había cristianos en ambos ejércitos. El misionero portugués Luis Frois invitó a los samuráis católicos a celebrar la Navidad y se esforzó para que la batalla fuera suspendida durante la ceremonia religiosa. Unos 70 guerreros asistieron a la misa en un lugar donde se colocó una pintura que representaba el Nacimiento de Jesús.

No obstante, en el año 1589 el líder guerrero Hideyoshi Toyotomi prohibió el cristianismo al temer la posible fuerza que podría cobrar el catolicismo en Japón. Desde entonces, durante cerca de 300 años, hasta que el gobierno de Meiji invitó a los occidentales a venir para modernizar el país, los cristianos japoneses tuvieron que conservar su fe cristiana y celebrar la Navidad de manera clandestina.